相鄰堿基組分與產(chǎn)生SNP的轉(zhuǎn)換或顛換在植物基因組中的研究

堿基替換突變是形成物種多態(tài)性和造成生物進化的根本原因之一.近年的研究表明:基因組的堿基組分在不同程度上與堿基替換突變的發(fā)生相關.以水稻全基因組3611007個SNPs(包括45462個編碼區(qū)SNPs和242811個內(nèi)含子區(qū)SNPs)和擬南芥全基因組32019個SNPs為研究對象,研究突變位點周圍的堿基A&T(A和T)的使用頻率和點突變類型的相關性,結果表明:水稻和擬南芥全基因組上轉(zhuǎn)換和顛換的比值(Ts/Tv)以及緊鄰突變位點(上下游各1個堿基)上A&T堿基的個數(shù)負相關.統(tǒng)計了6種SNP的AT2(直接相鄰的堿基是A或T的個數(shù))和AT0(直接相鄰堿基是C或G的個數(shù)),發(fā)現(xiàn)水稻和擬南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大,說明C/G型SNP可能受直接臨近區(qū)域上A&T堿基的影響最大.在水稻全基因組SNPs中,A&T堿基影響突變的范圍局限在突變位點上下游2個堿基內(nèi).擬南芥A&T堿基影響其全基因組SNPs的范圍不超過上下游4個堿基.

作 者： 趙輝 李啟寨 李俊 曾長青 胡松年 于軍   作者單位： 趙輝(中國科學院北京基因組研究所暨北京華大基因研究中心,北京,101300;中國科學院研究生院,北京,100039)

李啟寨(中國科學院北京基因組研究所暨北京華大基因研究中心,北京,101300;中國科學院數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院,北京,100080;中國科學院研究生院,北京,100039)

李俊,曾長青,胡松年,于軍(中國科學院北京基因組研究所暨北京華大基因研究中心,北京,101300) 

刊 名： 中國科學C輯  ISTIC PKU 英文刊名： SCIENCE IN CHINA SERIES C:LIFE SCIENCES  年，卷(期)： 2006 36(1)  分類號： Q94  關鍵詞： 點突變   單堿基多態(tài)性   替換   替換偏差   轉(zhuǎn)換   顛換  

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