miR-15a靶基因的預(yù)測及生物信息學(xué)分析

目的:對目前研究較為廣泛的miR-15a的靶基因進(jìn)行預(yù)測及相關(guān)生物信息學(xué)分析,以期為miR-15a靶基因的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供數(shù)據(jù)支持,并為深入研究miR-15a的調(diào)控機(jī)制及生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ)和提供理論指導(dǎo).方法:選擇TargetScan 5.1與PicTar兩種計(jì)算方法預(yù)測miR-15a的靶基因的交集作為分析的基因集合,分別進(jìn)行GO注釋描述、GO富集分析和生物通路富集分析.結(jié)果與結(jié)論:預(yù)測靶基因集合分別富集在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、蛋白質(zhì)修飾、細(xì)胞周期等生物學(xué)過程和蛋白激酶活性等分子功能上(P<0.01);經(jīng)典miR-15a預(yù)測靶基因集合顯著富集于KEGG通路數(shù)據(jù)庫中的Wnt信號通路、細(xì)胞周期和p53信號通路等5個信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路及前列腺癌、慢性髓細(xì)胞性白血病、黑素瘤等7個疾病通路中(P<0.05).

作 者： 張菁 鄒淑雪 張茂林 關(guān)振宏 段銘 ZHANG Jing ZOU Shu-Xue ZHANG Mao-Lin GUAN Zhen-Hong DUAN Ming   作者單位： 張菁,ZHANG Jing(湖南農(nóng)業(yè)大學(xué),動物醫(yī)學(xué)院,湖南,長沙,410128;人獸共患病研究教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,吉林大學(xué),人獸共患病研究所,吉林,長春,130062)

鄒淑雪,ZOU Shu-Xue(吉林大學(xué),計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,吉林,長春,130012)

張茂林,關(guān)振宏,段銘,ZHANG Mao-Lin,GUAN Zhen-Hong,DUAN Ming(人獸共患病研究教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,吉林大學(xué),人獸共患病研究所,吉林,長春,130062) 

刊 名： 生物技術(shù)通訊  ISTIC 英文刊名： LETTERS IN BIOTECHNOLOGY  年，卷(期)： 2010 21(2)  分類號： Q811.4  關(guān)鍵詞： miRNA   靶基因   生物信息學(xué)  

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